W kwietniu Stadler Bussnang AG otrzymał informację, że Sąd Okręgowy Warszawa-Praga wezwał Koleje Mazowieckie do uzupełnienia braków formalnych w skardze na wyrok Krajowej Izby Odwoławczej w sprawie przetargu na dostawę 16 elektrycznych zespołów trakcyjnych. Zgodnie z wezwaniem sądu opłata za wniesienie skargi powinna zostać uzupełniona do kwoty 5 milionów złotych, po odjęciu już wpłaconych przez skarżącego 3 tysięcy złotych.
Zmiana ta jest związana z nowelizacją prawa o zamówieniach publicznych, która została uchwalona w dniu 5 listopada 2009 r., a weszła w życie 22 grudnia 2009 r. Decyzja Kolei Mazowieckich o złożeniu skargi do sądu na wyrok KIO z dnia 2 marca 2010 roku (korzystny dla firmy Stadler Bussnang AG) została podjęta w czasie obowiązywania nowych przepisów.
2 marca 2010 r. Krajowa Izba Odwoławcza uznała odwołanie złożone przez firmę Stadler dotyczące unieważnienia przetargu na dostawę 16 elektrycznych zespołów trakcyjnych dla Kolei Mazowieckich. Zgodnie z wyrokiem Krajowej Izby Odwoławczej Koleje Mazowieckie nie miały podstaw prawnych, aby unieważnić przetarg. Swoją decyzją Krajowa Izba Odwoławcza otworzyła drogę do natychmiastowego podpisania umowy z firmą Stadler, gdyż zgodnie z obowiązującymi przepisami decyzja KIO umożliwia zamawiającemu, zawarcie umowy od razu po wydaniu orzeczenia przez Krajową Izbę Odwoławczą. Dodatkowo sprawę upraszcza fakt, że poza Kolejami Mazowieckimi oraz firmą Stadler nie ma dodatkowych stron w postępowaniu, które mogłyby się odwołać od decyzji KIO. Koleje Mazowieckie posiadają także prawomocną decyzję Krajowej Izby Odwoławczej oraz opinię niezależnych ekspertów specjalizujących się w prawie podatkowym, które zgodnie mówią, że Koleje Mazowieckie kwalifikują się do zastosowania uproszczonej procedury odzyskiwania podatku VAT, czyli nie muszą fizycznie przelewać kwoty podatku, a cały proces jego odzyskania ogranicza się do wypełnienia odpowiednich formularzy.
Niestety Koleje Mazowieckie odmówiły podpisania umowy z firmą Stadler na dostawę 16 elektrycznych zespołów trakcyjnych i odwołały się do sądu. W związku z tą decyzją Koleje Mazowieckie są zmuszone do zapłacenia 5 milionów złotych za wniesienie skargi do sądu. Decyzja ta oznacza konieczność „zamrożenia” na czas postępowania sądowego tak znacznej kwoty, a w przypadku przegranej Kolei Mazowieckich w postępowaniu skargowym, bezpowrotną utratę przez spółkę tych środków. Kontynuowanie przez Koleje Mazowieckie postępowania skargowego dotyczącego wyroku KIO, który ma oparcie w jednoznacznych przepisach prawa zamówień publicznych, nie tylko wiąże się ze znaczącym ryzykiem poniesienia przez skarżącego ogromnych kosztów w przypadku przegranej, ale przede wszystkim stanowi realne zagrożenie terminowego wykonania zamówienia, tak aby dostawa pojazdów była możliwa przed rozpoczęciem Mistrzostw Europy w Piłce Nożnej Euro 2012.
W międzyczasie posłowie Ziemi Siedleckiej: Stanisława Prządka, Krzysztof Tchórzewski, Jacek Kozaczyński, Bogusław Kowalski i Krzysztof Borkowski podjęli decyzję o interwencji w tej sprawie u premiera Donalda Tuska.
- W sytuacji, gdy Koleje Mazowieckie muszą zapłacić aż 5 milionów złotych za wniesienie sprawy do sądu, najlepszym rozwiązaniem wydaje nam się podpisanie umowy z firmą Stadler – tłumaczy Stanisław Skalski, dyrektor handlowy w Grupie Stadler Rail oraz członek zarządu Stadler Polska. - Tym bardziej, że Krajowa Izby Odwoławcza i niezależni eksperci prawa podatkowego, wskazują, że Koleje Mazowieckie kwalifikują się do zastosowania uproszczonej procedury odzyskiwania podatku VAT bez konieczności fizycznego przelewania kwoty podatku. W związku z tym podpisanie umowy ze Stadler będzie korzystne nie tylko dla pasażerów, którzy bardzo cenią komfortowe Flirtyy, ale również dla Kolei Mazowieckich, które otrzymają pojazdy przed Euro 2012 i nie narażą się na potencjalną utratę dofinansowania Unii Europejskiej - twierdzi Skalski.