Spore plany wiąże PKP PLK ze stacją Warszawa Gdańska i przechodzącą przez nią linią. Zbudowane zostanie przejście podziemne z sąsiedniej stacji metra - dzięki temu po raz pierwszy w naszym kraju kolej zostanie połączona z tym środkiem transportu za pomocą węzła przesiadkowego.
Zmodernizowany zostanie również układ torowy dla prowadzenia ruchu pociągów pasażerskich w ciągu linii kolejowych: nr 19 (Warszawa Główna Towarowa - Józefinów), nr 507 (Warszawa Główna Towarowa - Warszawa Gołąbki) i nr 509 (Warszawa Główna Towarowa - Warszawa Gdańska). Linie te zostaną przystosowane do prowadzenia ruchu pociągów pasażerskich jeżdżących z szybkością 80 km/h. Po modernizacji linii 509 jej przepustowość ma zwiększyć się z 50-60 pociągów na dobę do 110 pociągów na dobę (czyli o 80 proc.). PKP PLK Oddział Regionalny w Warszawie nie wyklucza, że dzięki temu przedsięwzięciu, powstaną przystanki osobowe Fort Wola (przy ul. Połczyńskiej) i Wola Park (ul. Górczewska). Będą one mogły być wykorzystywane przez SKM. Wartość projektu modernizacji wymienionych linii to 84,5 mln zł netto.
Choć nie wiadomo, czy powstanie nowy budynek Dworca Gdańskiego, to pewne jest jednak, że sama stacja do końca 2009 r. zostanie rozbudowana. Z myślą o pasażerach kolei chcących kontynuować swą podróż metrem, powstanie przejście podziemne wraz z wyjściami na perony i dźwigami osobowymi przeznaczonymi dla osób niepełnosprawnych, łączące stację metra Dworzec Gdański ze stacją PKP Warszawa Gdańska. Konieczny będzie też remont rozsypującego się wiaduktu w ciągu ulic gen. Andersa i Mickiewicza. Będzie to dość skomplikowane przedsięwzięcie, wymagająca zmiany lokalizacji podpór konstrukcji, które będą kolidować z istniejącym obecnie układem torowo-peronowym. Koszt modernizacji stacji to niemal 84,7 mln zł netto. Cena ta nie obejmuje jednak budowy przejścia podziemnego ze stacji metra. Przedsięwzięcie to zostanie zrealizowane przez Metro Warszawskie.
Do końca 2011 r. ma również zostać przebudowana linia średnicowa wiodąca od Dworca Zachodniego do Wschodniego. Na to jednak PKP PLK musi znaleźć ok. 1 mld zł. Bez tego nie ma mowy o zakończeniu prac do czasu rozpoczęcia Mistrzostw Europy w piłce nożnej w 2012 r.

* Tak będzie wyglądać stacja Warszawa Gdańska po zakończeniu planowanej modernizacji (wizualizacja PKP PLK).