Brak kompleksowego w skali kraju programu inwestycyjnego dedykowanego dla regionalnych linii kolejowych powoduje, że PKP PLK musi polegać na dobrej woli samorządowców w sferze Regionalnych Programów Operacyjnych. Ci mają jednak często sprzeczne interesy.
Obserwując ostatnie dziesięć lat inwestycji w obrębie modernizacji, rewitalizacji czy rehabilitacji linii kolejowych w Polsce wydaje się, że priorytety inwestycyjne są ułożone prawidłowo. Magistrale modernizowane są w pierwszej kolejności, linie regionalne w zależności od możliwości finansowych samorządów albo ich politycznej woli – później. Priorytetyzacja tychże inwestycji, oparta o pewne strategie, musiała mieć miejsce przy ograniczonych środkach finansowych. Niemniej jednak można odnieść wrażenie, że o ile międzywojewódzkie linie kolejowe są lub w najbliższej przyszłości będą zmodernizowane, o tyle większość regionalnych szlaków czeka agonia.
Krytycznie wydłużające się remonty odsuwają w nieznaną przyszłość chwilę, w której trzeba będzie wreszcie skupić uwagę i środki na potrzebnych i ekonomicznie uzasadnionych liniach kolejowych o znaczeniu regionalnym. Nie ma mowy o systemie kolejowym w Polsce bez uwzględnienia szlaków regionalnych i nie ma mowy o ich uwzględnieniu przy obecnym tempie inwestycji czy systemowym podejściu do tematu, które kuleje. Szereg prac w ujęciu lokalnym wykonano, ale to wciąż za mało.
Od lat pojawia się pytanie, w jaki sposób rozwiązać problem linii stykowych, np. Żywiec - Sucha Beskidzka czy Stróże - Jasło, gdzie samorządowcy nie dochodzą do porozumienia, ponieważ ich priorytety inwestycyjne się wymijają? Ministerstwo Infrastruktury i Rozwoju deklaruje, że problem linii kolejowych przebiegających przez co najmniej dwa województwa jest mu znany. Niestety MIR nie posiada narzędzi, które mogłyby w pewnym stopniu wpłynąć na samorządowców w kwestii współpracy. Kontrakt Terytorialny może pod tym względem okazać się instrumentem nieefektywnym.