Na decyzję władz miasta o powołaniu spółki kolejowej świadczącej usługi przewozowe wpłynęło kilka czynników – mówi Jerzy Obrębski, członek zarządu, dyrektor przewozów Szybkiej Kolei Miejskiej w Warszawie; był jedną z osób tworzących spółkę.
Warszawski węzeł kolejowy to siedem linii, gwieździście zbiegających się w centrum, ze sporą liczbą przystanków na terenie aglomeracji warszawskiej. To ważny argument dla przemieszczających się mieszkańców. Miasto myślało, więc o budowie połączenia kolejowego na Okęcie i o własnym przewoźniku, bo istniejący wówczas system przewozów regionalnych w rejonie Warszawy całkowicie pomijał przewozy miejskie.
Zakładając spółkę, władze stolicy wyposażyły ją w kapitał założycielski w wysokości 72,5 mln zł. Pierwszymi jej udziałowcami były: Metro Warszawskie i Tramwaje Warszawskie oraz miasto stołeczne. W 2007 roku udziały przewoźników zostały wykupione i jedynym udziałowcem Szybkiej Kolei Miejskiej do dziś jest Warszawa. Organizatorem przewozów w jej imieniu jest Zarząd Transportu Miejskiego. SKM jest, bowiem koleją działającą w systemie komunikacji miejskiej. Obowiązują, więc w niej te same bilety, co w stołecznych autobusach, tramwajach i metrze.