Wstępny projekt zakładał budowę przystanków przy al. Kościuszki i pl. Hallera. Celem było ”umożliwienie wykorzystania kolei dla obsługi aglomeracji łódzkiej” poprzez powiązanie kolei z miejskimi tramwajami i autobusami. Z niezrozumiałych przyczyn tunel został poprowadzony w zupełnie innym kierunku z przystankiem na tyłach Manufaktury, między parkingiem a cmentarzem, kilometr od przystanku tramwajowego. Oficjalnym wytłumaczeniem było, że jest to jedyny technicznie i prawnie możliwy wariant. Nie jest to prawdą – zaznaczają członkowie ruchu „Szacunek dla Łodzi”

3 listopada 2010 zainterweniowali łódzcy radni, wzywając do projektowania tunelu i stacji w pierwotnie planowanym miejscu. 6 i 13 grudnia 2011 odbyły się konsultacje społeczne. Można było tylko wybrać, czy za Manufakturą będzie stacja, czy przystanek techniczny. Łodzianie całkowicie odrzucili pomysł projektantów z Senera. Ci zresztą przyznali że „lokalizacja stacji po stronie ul. Zielonej i Zachodniej jest technicznie możliwa (choć trudna w istniejących warunkach)”. Mieszkańcom miasta zarzucano, że nie rozumieją charakteru tej linii i swoich własnych potrzeb. Zdaniem projektantów jeśli mieszkańcy chcą mieć stację w centrum miasta muszą zbudować sobie kolejny, trzeci tunel – czytamy w komunikacie łódzkich organizacji pozarządowych.

W ankietach konsultacyjnych łodzianie tak pisali o zaprezentowanym wariancie: „Jakoś nie wyobrażam sobie, aby do Łodzi przyjeżdżano tylko na zakupy. Jeśli taki ma być charakter tej stacji to proponuję wybudować linię kolejową w okolicy CH Ptak”, „Oba warianty postulują budowę tunelu o wiele dłuższego niż jest to potrzebne, a tym samym marnotrawią pieniądze publiczne”, „Lepiej wybudować stację w centrum miasta, w miejscu dobrze skomunikowanym z miejskimi liniami autobusowymi i tramwajowymi (np. przy Kościuszki).”, „Stacja pośrednia musi zostać zintegrowana z istniejącym systemem komunikacji miejskiej (w szczególności z ŁTR). Z wszystkich zaproponowanych wariantów są to te, na których stacja ulokowana jest pod skrzyżowaniem ul. Zachodniej/ul. Zielonej. Ta lokalizacja jest RACJĄ STANU.” Na pytanie, czy tunel przyczyni się do rozwoju odpowiadano „tak – rozwoju centrum handlowego Manufaktura za pieniądze podatników”. Tymczasem celem inwestycji powinno być ułatwienie życia mieszkańcom aglomeracji – usprawnienie dojazdu do pracy, szkoły, uczelni i urzędów. Stacja Manufaktura doprowadzi też do powstania terenów inwestycyjnych konkurencyjnych wobec tzw. Nowego Centrum Łodzi wokół Dworca Fabrycznego – czytamy w liście

Dopiero 18 stycznia udostępniono na żądanie Ruchu Społecznego „Szacunek dla Łodzi” zestaw wszystkich 14 wariantów budowy tunelu. Część z nich zakłada lokalizację stacji na przecięciu z ul. Zachodnią. Miasto odmówiło jednak udostępnienia bardziej szczegółowych analiz. W tej sprawie została złożona skarga do WSA.

Prezydent Łodzi Hanna Zdanowska w przesłanym do Fundacji Fenomen piśmie pisze, że „planowana inwestycja nie jest inwestycją miejską”. Jest to tyle dziwne, że miasto zapowiada współfinansowanie budowy tunelu w ramach projektu Łódzkiej Kolei Aglomeracyjnej. Według prognoz będzie on służył w większości pasażerom kolei aglomeracyjnej i regionalnej (73% przewozów), czyli właśnie łodzianom.

„Jest jeszcze szansa i nie można jej zmarnować.” - uważają organizacje skupione w Ruchu Społecznym „Szacunek dla Łodzi”.