Na głównej osi miejskiej zmienią się trasy S3, S5 i S75. Linia S5 połączy Spandau i wschodnią część miasta w rytmie 10-minutowym już od wczesnych godzin porannych, także w weekendy. Linia S75 dojeżdżać będzie w zachodniej części miasta do punku Westkreuz w godzinach szczytu, zaś w pozostałych godzinach i weekendy konczyć będzie bieg na dworcu wschodnim (Ostbahnhof). Z powodu prac budowlanych na stacji Ostkreuz linia S3 z Erkner w dalszym ciągu będzie miała punkt końcowy na przystanku Ostkreuz. Nocne trasy pociagów S-Bahn pokryją się z dziennymi. Utrzymane będą dalej skomunikowania z autobusami miejskimi i metrem.

W związku z pracami na torach całkowicie wstrzymany będzie na rok ruch pociągów między stacjami Berlin-Charlottenburg i Berlin-Wannsee zawieszone będzie kursowanie pociągów dalekobieżnych i regionalnych. Czynne będą jedynie tory S-Bahn, po których jeździć bedzie linia S7, zapewniająca bezpośrednie połączenie Berlina z Poczdamem. Pociągi linii RE1 z Eisenhüttenstadt do Magdeburga od Berlina Zoo do Havel skierowane zostaną objazdem przez Golm, skąd będzie można dojechać po przesiadce do stacji Wannsee. Pociągi te otrzymaja dodatkowy przystanek w Charlottenburgu. Dodatkowo składy kursujące jedynie w relacji Brandenburg-Frankfurt podzielone będą na dwie części; część jadąca z Brandenburgu dojeżdżać będzie tylko do Berlina-Wannsee, zaś skład z Frankfurtu do Berlina-Charlottenburg.

Na linii RB 66 Berlin - Szczecin nowością będzie kurs o 8.35 ze Szczecina do Angermünde, skomunikowany z ICE 1509 do Monachium. Pociąg z 9.18 przesunięty zostanie na 10.16, dzięki czemu utrzymany będzie dwugodzinny takt z Niemcami.

W niedziele wraz z zakończeniem prac torowych na odcinku Königs Wusterhausen - Cottbus znów pojadą tam pociągi regionalne z Berlina, osiągające prędkość do 160 km/h. Kolejne zmiany rozkładu i zmieniony uklad linii przewidziane są na 3. czerwca, gdy otwarte zostanie lotnisko BER. Zmiany obejmą linie RB 22, RE 7, RE 9, EB 14.