Likwidacja peronów przystanku Kraków Mydlniki Wapiennik została spowodowana omyłką projektanta. Według PKP PLK przy badaniu liczby osób korzystających z przystanku, projektant wziął pod uwagę jedynie okres, w którym na przystanku nie zatrzymywały się pociągi, przez co wynik wyniósł zero. Przystanek po modernizacji E30 trzeba będzie odbudować, bo zmiana projektu dofinansowanego przez Unię Europejską nie wchodziła w grę.

Trudno było jednak znaleźć finanse na odbudowę przystanku. PKP PLK wskazywało, że konsultacje w sprawie modernizacji linii kolejowcych są po to, żeby wykluczyć właśnie takie pomyłki. Jak w wielu innych przypadkach, mieszkańcy i samorządowcy zaczęli protestować dopiero po wydaniu wszystkich decyzji w tej sprawie. Z tego względu zarządca infrastruktury nie ma przewidzianych środków na odbudowę przystanku. Do budowy peronów miał dołożyć samorząd województwa, jednak według ostatnich informacji, w budżecie na przyszły rok finansowanie peronów przewidział Kraków - ma na to pójść 5 milionów złotych.

Ogłoszony przez PKP PLK przetarg przewiduje opracowanie dokumentacji projektowej do 15 lutego 2012 roku i wykonanie robót budowlanych do dnia 31 maja 2012 roku. Dla przedmiotowych robót należy wykorzystać zamknięcia zaplanowane w terminie dla toru nr 1 od 11.01.2012 r. do 31.03.2012 r., a dla toru nr 2 od 01.04.2012 r. do 31.05.2012;