Na tym odcinku pociągi będą kursowały tylko po jednym torze. Część z nich będzie kursowało na skróconej trasie. Prace zakończą się 17 listopada. W czasie robót pociągi między Warszawą Falenicą a Warszawą Wawrem będą kursowały tylko po jednym torze. Pociągi w każdym kierunku będą kursowały przez ok. 30-40 minut, potem kierunek ruchu zostanie odwrócony. W godzinach porannego szczytu priorytet będą miały pociągi kursujące do centrum Warszawy. W godzinach szczytu popołudniowego uprzywilejowany zostanie kierunek przeciwny.

W związku z tym, że przepustowość linii kolejowej zostanie mocno ograniczona, część pociągów Szybkiej Kolei Miejskiej na linii S1 będzie kursowała na trasach skróconych: Pruszków – Warszawa Gocławek oraz Pruszków – Warszawa Wschodnia – Pruszków. W tej sytuacji największy ciężar obsługi tej linii spadnie na Koleje Mazowieckie. W związku z tym na wniosek Zarządu Transportu Miejskiego KM wydłużą dwa swoje składy. Obecnie kursują one jako pociągi złożone z dwóch jednostek EZT. Od 5 listopada będą to składy potrójne. Jednym z nich będzie pociąg wyruszający z Otwocka do Warszawy o godz. 7.00.

W czasie prac torowych wszystkie bilety z taryfy ZTM będą honorowane w pociągach KM kursujących na linii otwockiej, łącznie z biletami jednorazowymi i czasowymi. Honorowane będą także wszystkie uprawnienia do przejazdów ulgowych i bezpłatnych. Z kolei w pociągach SKM na linii S1 (na odcinku od Warszawy Zachodniej do Otwocka) będą honorowane wszystkie bilety z taryfy KM uprawniające do przejazdów pociągami KM na linii otwockiej.

Bilety „kartonikowe” z paskiem magnetycznym, które nie będą skasowane w momencie rozpoczęcia podróży pociągiem KM, będą musiały (niezwłocznie po wejściu do pociągu) „skasowane” przez kierownika pociągu. Kierownik pociągu zalegalizuje bilety wpisując ręcznie na ich odwrocie stosowną informację.

Dodatkowo ZTM skieruje również do obsługi linii 521, kursującej wzdłuż linii kolejowej, dodatkowe autobusy. Będą one, w godzinach porannego szczytu, kursowały jako tzw. „wtyczki” (kursy nieujęte w rozkładach jazdy na przystankach) na trasie skróconej: Falenica – rondo Wiatraczna. Do tego warto wspomnieć, że linia 521 będzie obsługiwana (przez cały dzień) wyłącznie przez autobusy przegubowe.