Ustawa ma zwiększyć niezależność PKP PLK od przewoźników kolejowych, oraz od PKP SA. Według wiceministra infrastruktury Andrzeja Massela Komisja Europejska nie raz wytykała Polsce, że podmiot zarządzający prawie całą polską infrastrukturą jest w holdingu, w którym są także przewoźnicy kolejowi.

Zakaz, który nie będzie poparty przez PiS oraz SLD, dotyczy członków zarządu i rady nadzorczej PKP PLK oraz kierowników i zastępców kierowników w komórkach tej spółki. Zakaz miałby obowiązywać także przez 24 miesiące od momentu zakończenia pełnienia funkcji.

Według posłów PO i PJN, noewlizacja projektu nowelizacji ustawy o komercjalizacji, restrukturyzacji i prywatyzacji przedsiębiorstwa państwowego Polskie Koleje Państwowe jest potrzebna, aby Polskie Linie Kolejowe uniezależniły się od PKP SA. Zdaniem posła PSL Janusza Piechocińskiego, pracownikom PKP PLK nie trzeba ustawowo zabraniać łączenia stanowisk. Według niego łatwiej byłoby zapisywać w umowach o pracę, że łączenie stanowisk kończyłoby się konsekwencjami w postaci zwolnienia dyscyplinarnego. Posłowie PiS i SLD uważają, że nowelizacja objęłaby tylko 60 osób oraz że można ten problem rozwiązać w inny sposób. Poza tym przepis dotyczyłby tylko jednej spółki, a nie całego rynku.